Protozyten werden als prokariontische Zellen bezeichnet. Prokariontische Zellen haben keine Kernhülle. Der Zellkern wird nicht wie bei einer Eukaryonte von einer Kernmembran umgeben sondern ist ungeschützt. Cyanobakterien (Blaualgen) und Bakterien sind die wichtigsten Prokaryonten. Dabei liegt die DNA / DNS verfestigt im Nukleoplasma und kann sich nicht frei im Zytoplasma bewegen. Es handelt sich um ein zirkuläres Chromosom von 1,08 mm Länge. Die Bezeichnung des Chromosoms kann dabei als nackt bezeichnet werden weil sie nicht mit anderen Proteinen oder Histonen verknüpft ist.